洪水脉冲理论（flood pulse concept，FPC）是Junk等( 1989)基于亚马逊河和密西西比河长期观察数据的基础上提出的。他们以河流周期性涨退时间及泛滥后的横向空间观念，提出不同于RCC理论的纵向空间观点，用以解释河流洪泛湿地地区能量及营养的动态变化。FPC理论主要描述的是，由河流河道系统到洪泛区系统季节性水流消长导致的河流洪泛区干湿交替的水文情势变化，以及河流洪泛区系统生物对这种水文情势变化的适应。枯水季节，河流只限于河道范围内，洪水区脱离其河流系统，各自独立发展其自身的营养物质循环。而到了丰水季节，泛滥洪水建立了河流与洪泛区之间的水力联系，洪水径流不断地由河流向洪泛区提供有机营养物质输入，再加上受淹土壤中的营养物质得到释放，洪泛区初级生产力大为增加。此时，水生生物及无脊椎动物生长迅速，鱼类迁移至河滨洪泛区湿地觅食。洪水位上涨期是鱼类繁衍的高峰期，而浮游生物繁衍的高峰则是处于涨水期结束前。因此，洪泛区在洪水期成为河流系统的一个积极的动态组分。洪水消退时，洪泛区的营养物质及有机体又会随着退水流返回到河流系统，使得河流系统单位面积生物量增加。洪泛区湿地随着洪水位的消退而逐渐干旱化，陆生生物开始在洪泛区湿地定居。生物生产力在洪水循环中因过程的多变性得以提高，因此洪水脉冲对维持遗传和物种多样性、保护特有的自然现象有重要意义。Junk等人认为，河流径流的脉冲式变化是河流洪泛区生物区系最主要的控制因子，洪泛区与河流主河道之间的侧向水力联系，以及洪泛区内部的营养物质循环，与河流连续统理论的营养螺旋相比，对河流洪泛区系统生物区系的作用更为直接。